Το Δίκτυο Natura 2000 αποτελεί ένα Ευρωπαϊκό Οικολογικό Δίκτυο περιοχών, οι οποίες φιλοξενούν φυσικούς τύπους οικοτόπων και οικοτόπους ειδών που είναι σημαντικοί σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Αποτελείται από δύο κατηγορίες περιοχών:

  • τις «Ζώνες Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ)» (Special Protection Areas – SPA) για την Ορνιθοπανίδα, όπως ορίζονται στην Οδηγία 79/409/EΟK “περί της διατηρήσεως των άγριων πτηνών”, η οποία κωδικοποιήθηκε με την Οδηγία 2009/147/ΕΚ και 
  • τους «Τόπους Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ)» (Sites of Community Importance – SCI), όπως ορίζονται στην Οδηγία 92/43/ΕΟΚ “για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων καθώς και της Άγριας Πανίδας και Χλωρίδας”.

Όσον αφορά τους ΤΚΣ, μετά την οριστικοποίηση του καταλόγου των ΤΚΣ, τα Κράτη Μέλη υποχρεούνται να κηρύξουν τις περιοχές αυτές ως «Ειδικές Ζώνες Διατήρησης (ΕΖΔ)» (Special Areas of Conservation – SAC) και να καθορίσουν τις προτεραιότητες για τη διατήρηση σε ικανοποιητική κατάσταση, των τύπων οικοτόπων και ειδών κοινοτικού ενδιαφέροντος εντός αυτών. Στην Σέριφο συναντάμε την περιοχή ΕΖΔ με τον κωδικό GR4220009 και την ονομασία «Νότια Σέριφος», η οποία καταλαμβάνει ένα σημαντικό μέρος του νησιού, αλλά και θαλάσσια έκταση.

Η περιοχή Natura 2000 της Σερίφου καθορίζεται από το στίγμα Ε24ο29’05” γεωγραφικό μήκος και Ν37ο20’47” γεωγραφικό πλάτος, μέσο ύψος 250 μ., ενώ το υψηλότερο σημείο της φτάνει στα 583 μ. Καταλαμβάνει 4.753,5 εκτάρια, εκ των οποίων τα 1.473,5 αποτελούν θαλάσσια έκταση. Εδώ έχει σημειωθεί μία από τις υψηλότερες τιμές μέσης ετήσιας βροχόπτωσης σε όλη τη νησιωτική ενότητα των Κυκλάδων με 600 mm βροχής, ενώ η μέση ετήσια θερμοκρασία κυμαίνεται γύρω στους 19 με 20οC.

Το χερσαίο τμήμα της περιοχής Natura 2000 καλύπτει το μεγαλύτερο μέρος της τοποθεσίας. Σχεδόν το μισό καλύπτεται από τυπικά χαμηλά φρύγανα του Αιγαίου. Η ακτογραμμή της τοποθεσίας είναι νότια, με μήκος περίπου 14 Km. Τέσσερις όρμοι (Καλό Αμπέλι, Κουταλάς, Μαλλιάκο, Δύο Γιαλλούδια) σχηματίζονται στα νότια. Οι παραλίες των όρμων Καλό Αμπέλι και Κουταλάς είναι αμμώδεις. Υπάρχουν επίσης αμμοθίνες με χαρακτηριστική βλάστηση. Το υδρογραφικό δίχτυο της περιοχής περιλαμβάνει ποτάμια με κατεύθυνση Β – Ν και συνολικού μήκους περίπου 14 Km. Περιλαμβάνει επίσης μια σειρά από πηγές και πηγάδια. Υπάρχουν περίπου 24 από αυτά και τα περισσότερα βρίσκονται στο νότιο τμήμα. Στο δυτικό τμήμα (Μεγάλο Λιβάδι) θα συναντήσουμε τα εγκαταλειμμένα ορυχεία. Σε όλη την περιοχή υπάρχουν πεζούλες και πέτρινοι φράχτες που οριοθετούν τα όρια των ιδιοκτησιών και των χωραφιών, τα περισσότερα πλέον εγκαταλελειμμένα. Στα νότια της τοποθεσίας υπάρχουν ακόμη λίγες καλλιέργειες, αμπέλια και ελαιόδεντρα, κυρίως, και αρκετός αριθμός κατοικιών.

Το κύριο χαρακτηριστικό της προστατευόμενης περιοχής είναι ο συνδυασμός γεωμορφολογικών και υδρογεωλογικών χαρακτηριστικών που δημιουργεί πολλούς διαφορετικούς τύπους οικοτόπων. Αρκετοί διαφορετικοί τύποι οικοτόπων του Παραρτήματος Ι αντιπροσωπεύονται στην περιοχή παρά τη σχετικά μικρή έκτασή της. Μόνο λίγα ενδημικά φυτά έχουν αναφερθεί, γεγονός που ξενίζει για ένα νησί των Κυκλάδων. Αντιθέτως η πανίδα της τοποθεσίας είναι αρκετά πλούσια, με πολλά ενδιαφέροντα είδη ερπετών όπως τα Mauremys rivulata και Zamenis situla, αλλά και ασπόνδυλων, όπως τα Tinodes serifos, Deroceras seriphium, Stactobia livadia και Hydraena malickyi. Αξιοσημείωτη είναι η παρουσία των θαλάσσιων θηλαστικών, της φώκιας Monachus monachus και των δελφινιών Tursiops truncatus (ρινοδέλφινο) και Delphinus delphis (κοινό δελφίνι)

Η περιοχή όπως και όλες οι Κυκλάδες είναι πέρασμα θαλάσσιων χελωνών, και αποδημητικών πουλιών, ενώ υπάρχουν εποχιακοί περιορισμοί στο κυνήγι.

Τα τελευταία χρόνια παρατηρείται αυξανόμενη τουριστική ανάπτυξη στην περιοχή. Η ποικιλία των αξιοθέατων που παρουσιάζει ο περιοχή θα μπορούσε να συνδυαστεί με την οικολογική και επιστημονική του σημασία για να τον καταστήσει υποψήφιο για βιώσιμη ανάπτυξη και εναλλακτικούς τύπους τουρισμού.

Στην Σέριφο υπάρχουν ακόμη δύο Καταφύγια Άγριας Ζωής: Το καταφύγιο «Κένταρχος-Γαλήνη», με έκταση 1.121,33 εκτάρια και το «Χώρα-Αγία Κυριακή», με έκταση 225,82 εκτάρια.

Επίσης στο νησί έχουν καταγραφεί τρείς υγρότοποι: Το Έλος Τσιλιττάκι, με κωδικό Y422SER001 και έκταση 40 εκτάρια, το Έλος Πλατύς Γιαλός, με κωδικό Y422SER00 και έκταση 7 εκτάρια, και το Έλος Συκαμιά με κωδικό Y422SER004 και έκταση 47 εκτάρια.

Να σημειωθεί πως ολόκληρο το νησί έχει χαρακτηριστεί ως «Τοπίο ιδιαίτερου φυσικού κάλλους», με κωδικό AT5010088– Νήσος Σέριφος, , ενώ η Χώρα Σερίφου έχει χαρακτηριστεί παραδοσιακός οικισμός με το ΦΕΚ 274/Β/24-5-1983.